Danach spielte YB für vier Jahre im Neufeldstadion am anderen Ende der Stadt. Dank tollen Auftritten und Offensivfussball kamen die Besuchenden auch im Ausweichstadion in Scharen, um das neue YB zu sehen. Im Herbst 2001 ging mit der 1:3-Heimniederlage gegen GC eine Serie von 25 Heimspielen ohne Niederlage zu Ende. Mit dem letzten Spiel am 9. Dezember 2001 und dem 1:0-Sieg gegen den FC St. Gallen qualifizierte sich der BSC Young Boys für die Finalrunde, zum ersten Mal seit sieben Jahren.
Der Start in die Finalrunde gelang vielversprechend. YB spielte vor allem im Neufeld tollen Fussball und spielte lange um einen Platz in einem internationalen Wettbewerb mit. Im Cup scheiterten die Young Boys im Halbfinal unglücklich gegen den FC Basel im Penaltyschiessen. In der Folge konnte YB nicht mehr ganz an die zuvor gezeigten Leistungen anknüpfen und beendete die Saison auf dem siebten Schlussrang.
Die Qualifikationsrunde 2002 wurde auf dem 7. Platz abgeschlossen, die Finalrunde auf dem vierten Platz. Somit konnten die Young Boys erstmals seit 10 Jahren wieder an einem internationalen Wettbewerb teilnehmen.
Auf die Saison 2003/04 hin wurde Hanspeter Zaugg als neuer Cheftrainer verpflichtet. Die Mannschaft erspielte sich mit tollem Fussball den hervorragenden zweiten Tabellenplatz. Damit konnte die Mannschaft im Sommer 2004 die Champions League Qualifikation bestreiten. Dort scheiterte YB an Roter Stern Belgrad. Die folgende Saison 2004/05 wurde auf dem vierten Rang abgeschlossen. Im Sommer 2005 bezieht YB die neuen Räumlichkeiten im neuen Wankdorf Stadion, dem Stade de Suisse.
Im Herbst 2005 wurde der neue Trainer Gernot Rohr engagiert, welcher mit der Mannschaft 2006 bis in den Cupfinal vorstösst. Dort unterliegt YB im Penaltyschiessen dem FC Sion. Die erste Saison im Stade de Suisse schloss der BSC Young Boys auf dem guten dritten Platz ab und konnte im Juli 2006 in der UEFA Cup Qualifikation antreten. Dort überstanden die Berner die erste Qualifikationsrunde problemlos und scheiterten später an Olympique Marseille knapp.
Das erste Spiel im neuen Stadion gegen Marseille im Sommer 2006: Disler, Wölfli, Steinsson, Raimondi, Schwegler, Häberli (verdeckt) und Tiago.
Der Start in die Meisterschaft gelang YB 2006 nicht optimal. Nach dem Abrutschen auf den sechsten Platz ersetzte Martin Andermatt den zurückgetretenen Gernot Rohr an der Seitenlinie. Die erste Saison auf Kunstrasen beendete YB auf Rang vier.
In der Spielzeit 2007/08 konnte YB erstmals seit langer Zeit wieder ganz oben mitspielen. Zum Schluss reichte es für den hervorragenden zweiten Platz. Diese Platzierung wurde in der Saison 2008/09 wiederholt. Nach einem schlechten Saisonstart gelang YB unter dem neuen Trainer Vladimir Petkovic eine markante Steigerung im Verlauf der Spielzeit. In der Spielzeit 2009/10 standen die Young Boys ganz lange an der Tabellenspitze. Zum Schluss mussten sich die Gelbschwarzen knapp vom FC Basel geschlagen geben und landeten erneut auf Rang 2.